تسعى الهيئة إلى ضمان حماية الصحة العامة وتحسين سوية الحياة بطرحها استراتيجية صحية تستهدف تمكين دبي من تلبية احتياجاتها المستقبلية، مع تعزيزها بشراكة بين مقدمي الخدمات الصحية من القطاعين العام والخاص. وإلى جانب منح التراخيص وإصدار التشريعات الصحية تعمل الهيئة بدأبٍ لرفع مستوى الشفافية والمساءلة في نظام الرعاية الصحية للإمارة.